由于国会军总司令埃塞克斯等人昏庸无能、消极怠战，国会中以克伦威尔为首的独立派十分不满，1644年12月，国会下院通过《自抑法》，规定议员不得担任军职;1645年1月又通过《新模范军法案》，决定建立一支由国会拨款、骑兵占三分之一的2.2万人的新模范军，任命托马斯·费尔法克斯为总司令，统一指挥全军。在费尔法克斯的坚决要求下，作为议员的克伦威尔被任命为副总司令兼骑兵司令。从此，克伦威尔一身二任，在军队中代表国会，在国会中代表军队，以他为首的独立派掌握了军队的实权。内战的形势也大为改观。
国会军一改过去被动防守、等待作战的消极路线，采取主动进攻、迫敌决战的积极进攻战略，取得了一个又一个军事胜利。其中以内斯比一战最为重要。1645年6月14日，双方在内斯比附近展开决战。国会军集中兵力1.4万人，其中骑兵6500人，王军则拼凑了7500人，其中骑兵4000人。双方仍然采取传统的步兵居中、骑兵两翼的布阵方法。在克伦威尔的建议下，国会军为诱使王军速战使部队稍向后撤，王军立即下令进攻。早上10点30分，王军全线出击。鲁伯特率骑兵直扑国会军左翼骑兵，并追击不止。与此同时，克伦威尔指挥右翼骑兵以迅雷不及掩耳之势冲向王军左翼骑兵。
双方步兵也展开决战。克伦威尔击溃王军左翼，但王军步兵攻势迅猛，国会军步兵被迫撤退。在这关键时刻，克伦威尔留一个团继续追击王军左翼残部外，集中其余骑兵猛冲王军步兵侧后。王军遭前后夹攻，顿时大乱，很快溃败。国王率2000骑兵逃跑。这次决战，王军伤亡、被俘5000多人，全部辎重、枪炮、军火和军旗包括国王的秘密文件全部落入国会军手中。在历时3小时的会战中，王军主力遭到毁灭性打击，从此一蹶不振。到1647年3月，王军的最后一个据点落入国会军之手，第一次内战宣告结束。
第二次内战：1648年。第一次内战胜利后，革命阵营内部长老派和独立派之间的斗争日益激烈。长老派早在1647年2月就迫使国会通过解散军队法案，引起广大军官和士兵、群众的强烈不满。8月6日，克伦威尔为首的独立派团结小资产阶级激进派别“平等派”，在伦敦群众的支持下，率军队开进首都，许多长老派议员仓皇逃走，独立派掌握了国会实权。但是，克伦威尔马上反过来镇压了激进的“平等派”。
正当革命阵营发生分裂和斗争时，查理一世逃出国会军大本营，勾结长老派和苏格兰人，于1648年2月在西南部发动叛乱，第二次内战爆发。国会军先后在威尔士和东部平息王党叛乱，并在1648年8月17日同支持国王的苏格兰军队进行了著名的普雷斯顿会战。克伦威尔首先向苏格兰军左侧的英国王军兰代尔部发起猛攻，经4小时激战击溃王军。克伦威尔乘胜直扑苏格兰军，先将里布尔河右岸的敌军击溃，随后渡河追击。18日晨，国会军在距普雷斯顿15英里处的威根追上苏格兰军，并立即率部插入敌阵，将敌后卫部队切割成数段，分而歼之。19日，国会军继续追歼苏格兰军。克伦威尔同汉密尔顿在沃林顿附近进行了自苏格兰军入侵以来最激烈的战斗。克伦威尔夺取山隘和默西河上的一座桥梁，苏格兰军退路已断，大部人马投降。8月25日，汉密尔顿在走投无路的情况下向国会军将领兰伯特投降。至此，第二次内战以英国国会军粉碎苏格兰军和王军的进攻宣告结束。
英国内战是英国资产阶级在广大人民群众的支持下同封建专制王权之间的一次大搏斗。通过战争，专制王权被推翻，新贵族和资产阶级确立了在国家政治生活中的统治地位。
1649年1月30日，查理一世被处死刑，2月国会通过决议废除上院和王权，5月成立共和国。英国资产阶级革命乘借内战胜利的东风发展到了顶点。
英国内战中资产阶级的胜利有许多原因，但最根本的原因有以下几点：
1.力量对比上，国会军占绝对优势。国会控制地区是包括伦敦在内的东南部地区。