1569年3月，天主教军队在雅尔纳克大败新教军队，孔代阵亡。10月，科利尼又被击败。1570年8月，太后卡特琳签署圣日耳曼敕令，使新教徒获得礼拜自由和在几个设防安全区自派总督的权力。第一阶段的战争以新教派的有限胜利而暂告结束。
第二阶段：1572—1585年。这一阶段以著名的“圣巴托罗缪之夜”开始。1572年8月23—24日夜间，胡格诺派的重要人物正聚集巴黎，庆祝其领袖波旁家族的亨利的婚礼。
亨利·吉斯(吉斯公爵之子)以巴黎各教堂钟声为号，率军队发动突然袭击，杀死胡格诺教徒2000多人。由于24日正值圣巴托罗缪节，因此这一血腥的夜晚在历史上被称为“圣巴托罗缪之夜”。
这次大屠杀之后，法国再次出现分崩离析的局面。胡格诺派首先在南部和西部组成联邦共和国，对抗中央政权。1573年6月，查理九世签署《拉罗竭尔和约》，准许新教徒在拉罗竭尔、尼姆和蒙托邦举行教仪，给予这些城市信仰自由。1574年5月，新教派再度起事。朗格多克在原总督丹维尔伯爵领导下正式分裂出去。1575年，新教派发动全面起义，胡格诺教徒全部动员起来，为圣巴托罗缪之夜的屠杀报仇雪恨。1576年5月，亨利三世签署了博利厄敕令，谴责圣巴托罗缪之夜的大屠杀，同意为死难者昭雪，除巴黎和王室住地外，一切法国城市都有权举行新教仪式。敕令还给予胡格诺教徒担任公职的权利，准许他们占有在政治上、军事上居于优势的8个城市，在城市里建立混合司法机构，高等法院也设立特别法庭，以保证进行公正的辩论。博利厄敕令实际上承认了胡格诺教徒占领的地区为“国中之国”。博利厄敕令引起天主教派的强烈不满。1576年，吉斯在北方组织“天主教神圣同盟”，自行征税、招募军队，要求恢复王国的宗教统一，拒绝执行敕令，两派战争又起。战争中，胡格诺派遭受重大挫折，中部的拉夏里戴和西部的布鲁日落入天主教同盟手中。1577年9月，两派缔结《贝日拉克和约》，规定解散天主教同盟，限制博利厄敕令给予新教徒的自由和权利。新教徒只能在每个区的一个城市和自己的安全区内举行宗教仪式，他们对安全区只有6年的支配权。
第三阶段：1585—1598年。从1585年开始，法国国内开始了“三亨利之战”。各方首领分别是国王亨利三世、吉斯公爵亨利、波旁家族的亨利。1585年，吉斯公爵亨利取得西班牙的支持，在南特重组天主教同盟，巴黎、里昂、波尔多、马赛、第戎等城市纷纷归附。同时，法王亨利三世又撤销了两次和解的敕令。胡格诺教徒只得在波旁家族的纳瓦尔国王亨利的旗帜下应战，并得到英国和德意志新教诸侯的支持。1587年10月20日，新教军队在库特拉击败天主教同盟军。吉斯兄弟不久也重创胡格诺派军队。1588年5月，天主教同盟控制下的巴黎迎接吉斯公爵入城，包围王室住地卢浮宫，国王亨利逃出巴黎，并在鲁昂签署联盟敕令，满足了天主教派的一切要求。同年12月，国王的近卫军暗杀了吉斯公爵和天主教同盟所有首领。巴黎闻讯后发生暴乱，并成立以吉斯家族为首的新政权。受到新旧教派夹攻的亨利三世同纳瓦尔国王结盟。1589年8月1日，亨利三世被刺身亡，纳瓦尔国王亨利成为法王亨利四世。但天主教派拒不承认，内战战火继续燃烧。亨利四世连续在军事上取得胜利，但无法攻入巴黎。鉴于法国90%以上的人口都信仰天主教，亨利四世于1593年7月25日在圣德尼大教堂改信天主教。6天之后，新旧教两派势力达成为期3个月的休战协定。1594年3月22日，亨利四世凯旋进入巴黎，受到隆重欢迎。
此后的四年中，各地纷纷归附，亨利四世还赶走了混战之中攻入法国的西班牙军队。
1598年4月，亨利四世颁布“永久性”的“南特敕令”，宣布天主教为国教，胡格诺教徒在法国全境有信仰新教的自由，在担任公职方面享有同天主教徒同等的权利。5月，西班牙同法国议和。30多年的胡格诺战争自此结束。