反动将领特鲁赫泽斯利用起义队伍分散作战的弱点，采用假谈判，真武装袭击的手法来对付农民。结果，有些起义队伍轻信敌人，同意休战，随即被敌人各个击破。
1525年3月末，弗兰科尼亚农民起义爆发，4月迅速扩大。起义者烧毁了几百座城堡和修道院，惩治了罪大恶极的封建贵族。许多骑士加入起义队伍，还有许多城市也倒向起义军一边。城市平民积极配合农民斗争，但是市民只想利用起义来实现自己的利益，其态度摇摆不定，不少人虽然参加了起义，但不久就被运动所吓倒，投向敌人方面，造成起义队伍涣散，力量削弱。狡猾的特鲁赫泽斯仍旧采用各个击破和欺骗性谈判的手法，打败了几支起义军，进逼海尔布隆。在这关键时刻，市民相继叛变，开门迎敌。7月初，弗兰科尼亚的起义也失败了。
1525年2月，闵采尔来到图林根，3月在缪尔豪森城领导人民起义，推翻了城市贵族的统治，建立起一个“永久议会”，闵采尔被选为主席。从此缪尔豪森成为德意志中部的起义中心。在它周围，起义的烽火到处在燃烧。人民攻占城市、庄园、城堡和修道院，分掉贵族的土地和财物。农民信赖闵采尔的领导，纷纷向他请求对斗争的指示。闵采尔向人民宣传斗争的远大目标：消灭领主，财产公有，人人平等。号召人民“向前，向前，到了像打狗一样地穷追猛打恶棍的时候了……不要让你们的刀剑冷却、变钝”。1525年5月中，农民起义军与封建主军队在弗兰肯豪森进行决战。诸侯的兵力居于绝对优势，闵采尔毫不畏惧，率领农民军8000人奋勇迎敌。
但是由于众寡悬殊，武器缺乏，训练不够，闵采尔本人也缺少指挥经验，起义失败了。闵采尔被俘后备受严刑，壮烈就义。德意志的农民战争随后失败，起义农民遭到残酷的镇压，被杀害的起义者总数超过10万人。
轰轰烈烈的伟大的德国农民战争虽然失败了，但其影响却是巨大的。他从根本上动摇了天主教会在德国的统治，削弱了1000多年来教会在欧洲的特权地位，促进了整个欧洲的宗教改革和文艺复兴运动的深入发展，推动了社会的前进。许多寺院和教堂被捣毁，许多教会领地和其他财产被没收，天主教会在政治、经济上的权力大为削弱。封建主的城堡被摧毁，许多贵族被消灭，骑士或死于战火，或沦为诸侯的臣属，使他们本已没落的地位进一步下降。很多体面的家族破落了，只有靠伺候诸侯维持生活。因此，恩格斯把德国农民战争视为欧洲资产阶级反对封建制度的第一次大决战。从这时起，近代无产阶级的先驱者，“手里拿着红旗，口里喊着财产公有的要求”登上了政治舞台。
德国农民战争也给革命人民留下了宝贵的经验教训。斗争实践证明，广大农民是反封建的主力军。在同封建反动势力——诸侯、教会、贵族的决战中，他们最英勇。但农民要取得彻底解放，还需要无产阶级的坚强领导，而无产阶级同样也只有与农民结成巩固的联盟，才能领导革命取得胜利。